市区和南三县合并设立新南通市辖
崇川区：辖6个街道、3个镇
濠河街道（通吕运河以南，工农路以西，青年中路以北，孩儿巷北路姚港路以东）、任港街道（通吕运河以南，姚港路以西）、崇海街道（青年中路以南，工农路以西，长江路滨江公园以北，姚港路以东）、钟秀街道（通吕运河以南，海港河以西，青年东路以北，工农路以东）、新城街道（青年东路以南，工农南路以东，啬园路以北，铁路以西）、观音山街道（通吕运河以南，海港和以东，青年东路以北，铁路以西）、先锋镇、川姜镇、三星镇。
紫琅区：辖3个街道、4个镇
狼山街道（长江路啬园路以南，通富北路通富南路以西）、中兴街道（通沪大道以南，通盛大道以西，振兴路以北）、新开街道（原新开镇除中兴街道的区域）、竹行镇、小海镇、张芝山镇、江海镇（原南通农场）。
港闸区：辖3个街道、5个镇
天生港街道（长平路以南，通吕运河以西，九圩港以东）、唐闸街道（长平路通吕运河以北，九圩港以东，通宁大道以西，宁启高速以南）、秦灶街道（幸余路以南，通宁大道以东，通吕运河以北，通京大道以西）、陈桥镇（原陈桥乡和幸福乡幸余路以北区域）、兴仁镇、石港镇、四安镇、刘桥镇。
通州区：辖1个街道、7个镇
金沙街道（原金沙镇）、西亭镇、二甲镇、兴东镇、东社镇、十总镇、骑岸镇、五甲镇。
吕四区：辖3个街道、4个镇
吕四港街道（原启东吕四港镇）、东灶港街道（原海门东灶港镇刘浩镇）、三余街道（原通州三余镇）、包场镇（原海门包场镇万年镇）、余东镇（原海门余东镇树勋镇）、正余镇（原海门正余镇王浩镇）、四甲镇（原海门四甲镇货隆镇）。
郧州区：辖3个街道、6镇
二案街道（原如皋长江镇）、长青街道（原如皋长清沙岛友谊沙岛鸿北沙岛、原通州开沙岛东沙岛鸿北沙岛）、五接街道（原通州五接镇）、平潮镇、石庄镇、郭园镇、九华镇、白蒲镇、平东镇。
海门区：辖4个街道、7个镇、1个乡
东洲街道（原海门海门镇）、三厂街道（原海门三厂镇）、三和街道（原海门三和镇）、海门港街道（原海门江心沙农场）、天补镇、德胜镇、常乐镇、麒麟镇、悦来镇、临江镇、三阳镇、海永乡。
启东区：辖1个街道、9个镇、1个乡，
汇龙街道、北新镇、惠萍镇、寅阳镇、东海镇、近海镇、南阳镇、海复镇、合作镇、王鲍镇、启隆乡。
