莲花山风景林自然保护区位于甘肃南部临夏、甘南、定西三市州的康乐、临潭、卓尼、渭源、临洮五县交界处,总面积11691公顷。经纬度为:东经103°39′59″——103°50′26″,北纬34°54′17″——35°01′43″。保护区东以洮河为界,西、南两面以洮河林业局所属的冶力关林场、羊沙林场边缘为界,北面以冶木河为界。
1983年9月,省政府甘政发[1983]350号文批准成立甘肃省莲花山风景林自然保护区管理局,为县级事业单位,隶属省林业厅领导。2003年6月,国务院办公厅国办发[2003]54号文批准保护区由省级自然保护区晋升为国家级自然保护区。2005年3月,省林业厅甘林人字[2005]32号、省编委和编办通字[2005]8号文件批准甘肃省莲花山风景林自然保护区管理局更名为甘肃莲花山国家级自然保护区管理局。1993年甘林造字[1993]004号文件批准建立莲花山省级森林公园;2005年国家林业局林场许准字[2005]925号文件批准设立甘肃莲花山国家级森林公园;与甘肃莲花山国家级自然保护区管理局合署办公,实行“两块牌子,一套人马”的管理体制。