巢湖为我国五大淡水湖之一，它镶嵌在江淮之间，终年烟波浩淼，万顷碧波，向人们诉说其沧桑。相传在古代，巢湖这个地方并没有湖，而是一片丘陵起伏的原野，中间有一座古城，叫巢州。据晋人干宝志怪小说《搜神记》记载：一次长江暴涨，有巨鱼随潮入港，潮退后干死，鱼“重万斤”，“合郡皆食之，一姥独不食。”忽有老叟来告：巨鱼“吾子也，不幸罹此祸汝独不食，吾厚报汝”。“若东门石龟目赤，城当陷”，应急避。此后老姥每日前去察看。稚子问知何故，“以朱傅（涂）龟目”，老姥见后，急忙出城，有龙子前导登山，而城陷为湖。就此神话，后人还编入庐剧，成为传统剧目。
《淮南子》亦云：“汉无巢湖名，后汉明帝纪云巢湖出。”《通鉴地理通释》也说：“巢湖本巢县地，后废为湖。”皖唐诗人罗隐有诗：“借问邑人沉水事，已经秦汉几千年。”而《庐江县志》则妄为记载：“巢湖一曰焦湖??相传赤乌二年七月二十三日戊时陷为湖。”赤乌是东吴年号，赤乌二年是公元239 年，也就是巢湖成湖才1700 多年。
但现代地球科学认为，远在一亿多年前，巢湖的周边产生过巨大的断裂，使得部分湖岸线平直陡峭。著名的斜贯全省的郯—庐大断裂恰好穿过巢湖，由断层陷落而形成湖盆（底）。我国云南的滇池、洱海、四川的邛海，内蒙古的呼伦池以及青海的青海湖等，都属于这类断陷湖。它们的特点是湖泊形态常呈狭长状，湖岸线较平直，深度较大。但巢湖东西长约53 公里，南北宽约22 公里。当平均湖水位在8 米时，湖水深仅2—3 米。显然不似断陷湖。它的湖盆凹地又明显像受地壳运动形成的构造凹地，所以称为构造湖比较合适。
巢湖之水，长江来。巢湖的形成和发展受长江影响很大，特别是湖的变化及湖面的消长，深受长江变化的制约。当长江已经形成之后，在晚更新世时期，大约距今20 万年，我国东部海面数次上升，青藏高原的强烈隆起和东南季风气候的巨大影响，带来了充沛的雨水，长江水位随之水多位高。江水倒灌和内涝积水，使江连水水连湖。此时巢湖也已经出现，用不着期待能在湖心中找到旧城后沉沦的遗址了。
在距今十多万年时的古巢湖，它的水域扩张很大。当时的巢湖，西至舒城双河镇一带北到肥西、合肥、肥东梁园一线，均是湖波浩淼之水乡泽国，面积比今巢湖要大好几倍。
到了第四纪全新世，也就是最新的一个地质时代单元（距今1．3 万年开始），地壳发生间歇性抬升，原来的湖岸上升为二级阶地。从六安南边中店、清风岭、龙家山、经肥西的大潜山、大柏店、将军岭，长丰的吴山庙，到滁州章广集一线抬升，形成江淮分水岭。巢湖水流由原来的“北上”淮河、又恢复到“南下”长江、向东归入大海。
有史以来，巢湖的水域在急剧缩小。肥西三河镇，明末仍为湖岸重镇，当年船帆如林停泊镇边，一派港口景象。现今镇旁挖出古代船体，已是遗迹。而三河镇已距湖岸10 公里成为干码头了。
巢湖缩小变浅的原因是多方面的，主要的是泥砂淤积、湖岸崩坍严重，以及人工的垦殖。现在的巢湖已变得像个蝶子，湖底浅平，一般水深不过2—3 米。有的专家估算，照目前的泥砂淤积速度，不过两千年左右，整个巢湖的蓝色图像，将从地图上消失；而巢湖西部湖水则只要四、五百年就要干涸。有人开玩笑地说：那时在巢湖旅行，不是乘船而是乘车了。但也有的专家还持较乐观的态度，认为巢湖还要较长期的生存下去。
因为巢湖是个浅水湖，湖面风平浪小，水流不畅，周围工厂矿山生产带来的氯、磷元素成为“富营养”成分，使得浮游植物大量蘖生、繁殖、死亡，使湖水缺氧发臭。浅水湖的底泥也极易受搅动而上浮，引起混浊度倍增，又产生新的有害物质重返水中。
