夏朝，禹根据地理概况，依照名山大川的自然分界，把中国划分为冀、兖、青、徐、扬、荆、豫、梁、雍九个大的区域，故曰九州（“九州”在禹时并非确指，“九州”的具体称谓也并非大禹时所为）。
“兖”古作“沇”，《史记·夏本纪》“兖州”作“沇州”。沇水和济水实为一条河流，上游称沇水，下游称济水。古兖州的地域范围与沇水的流域有关。此地于济水和黄河之间，所处地理条件甚好，属孔孟圣地，生活在这块土地上的人民受周礼孔孟思想影响，其德行忠厚，信义诚实，性情严谨，因此封为“兖”。
夏、商、周三代均有关于九州或十二州的记载，虽所指有所不同，三代皆有“兖州”，作为地理概念用语。其地约在今河南东北部、河北南部、山东西部。
“兖州”一词的出现始于春秋以后。春秋战国时期，百家争鸣，著书立说，把禹时的九州冠以称谓，兖州即其一。
西汉置瑕丘县（故城于今兖州市东北五里古城村），属山阳郡；为加强中央集权统治，武帝把全国重新划分为十四州，设十四州刺史部。兖州是其中之一，治所设在濮阳，辖山阳（辖瑕丘、橐县、方与……等）、东郡、陈留、济阳、泰山、东平六郡国。
东汉建武十一年（35），改全国为十三州。兖州治所在昌邑（今山东金乡县西北40里），下辖陈留、东郡、任城、泰山、济北、山阳（今兖州属山阳郡）、济阳、东平八个郡国，大体范围在今山东西部及河南东部。
三国时，兖州区域属魏国。兖州仍辖八个郡国，将汉时陈留改为陈留国，任城国改为任城郡。兖州初治昌邑，后移治廪丘（今山东鄄城县东）。
晋时，设兖州刺史部，辖濮阳国、东平国、济北国、泰山郡、陈留郡、济阳郡、任城国、高平国（治昌邑，辖瑕丘、金乡、巨野……等）八郡国五十六县。
武帝太康元年（280），西晋灭吴，把全国划分为十九个州部。永嘉年间设立二十一个州部。兖州均为其中之一，初治廪丘，后移治郓城（今山东郓城西北）。省瑕丘县入南平阳县，属高平国。
惠帝末年（290），兖州全境沦没，附属后赵，此兖州史称北兖州，辖东平、高平、济阳、济北、任城等郡。东晋于南方设置诸多侨州，包含兖州，先后寄治京口（今江苏丹徒），广陵（今江苏江都县东北），金城（今江苏江宁县北），下邳（今江苏邳县东），山阴（今江苏淮安），广陵，领十四郡。历史上称广陵之兖州为南兖州。
南朝刘宋初年，武帝刘裕平河南，又设兖州于滑台（今河南滑县），时称西兖州。
文帝元嘉十年（433）移治邹山（今山东邹城东南故邾城），又寄治彭城（今江苏铜山县），徒迁须昌（今山东东平县西北50里）。
元嘉二十年（443）把兖州区域分属徐州、冀州，其兖州旧地为鲁郡代替。元嘉三十年（453）六月复立兖州，治瑕丘（今兖州市），兖州始治瑕丘，将瑕丘城南移五里至今兖州城区；宋孝武帝孝建初年（454）治湖陆（今江苏沛县北），宋明帝秦始初（465）移治瑕丘。齐、梁时，又设北兖州于清江，设南兖州于广陵。
泰始二年，兖州降魏，侨治于淮阴，旧地兖州移治于滑台，后治瑕丘。时称瑕丘之兖州为东兖州，复曰兖州。而滑台之兖州则为西兖州。
北魏孝昌年间（525—527），西兖州又移治于定陶（今山东定陶县西北）。
太和年间（477—499）置南兖州于涡阳（今安徽蒙城县东北），正光年间（520—525）又移治谯城（今安徽毫州）。当时称兖州（瑕丘）、西兖州（滑台）、南兖州（谯城）为三兖州。
东魏时设兖州于瑕丘，改置南兖州于陈留，西兖州于济阳（今山东曹县西北）。
北齐时，改清江之兖州为淮州，广陵之兖州为东广州。
隋初沿袭前制，开皇三年（583），废郡，行州县制。复置瑕丘县，仍为兖州治。
大业二年（606），瑕丘之兖州改为鲁郡，领十县。西兖州改为东郡，南兖州改为谯郡。此后瑕丘一直为兖州（鲁郡）治所。
唐高祖实行州治。武德五年（622）平徐元朗部，置兖州。治所设在瑕丘，领任城、瑕丘、平陆、袭丘、曲阜、邹、泗水七县。
贞观十四年（640）置兖州都督府，辖兖、秦、沂三个州。
天宝元年（742）改兖州为鲁郡，乾元元年（758）复为兖州，领八县，同时设兖海节度使，治瑕丘，隶属河南道，辖兖、海、沂、密四个州。
五代十国时期，梁、唐、晋、汉设兖州秦沂节度使，属河南道，治瑕丘。到后周时期，因慕容彦超据兖州时反叛，遂降兖州为防御州，领六个县。
宋大中祥符元年（1008），兖州升为大都督府州。
宋大观四年(1110年)为避孔丘讳，改为瑕县。
政和八年（1118）兖州升为袭庆府，治瑕县，隶属山东东路，下辖瑕县（今兖州市）、奉符（今泰安）、泗水、袭县（今宁阳）、邹县（今邹城）、任城（今属济宁市）、仙源（今曲阜）、莱芜、金乡、鱼台十个县。后因“瑕”县有“瑕疵”之嫌，又因地处嵫山之阳，遂改名为嵫阳县。嵫山为兖州境内唯一一座山，属泰山山脉，位于兖州城西15公里颜店镇。
金改设兖州。初置泰宁军，治嵫阳。
大定十九年（1179）改为泰宁军节度使，隶属山东西路，辖嵫阳、曲阜、泗水、宁阳四个县。
元朝设兖州，治嵫阳，隶属济宁路。宪宗二年（1252）分隶东平路。
至元五年（1268）复属济州，至元十六年（1279）改隶济宁路总管府，辖嵫阳、曲阜、泗水、宁阳四个县。
明初，省嵫阳县入兖州。兖州辖三县，隶属济宁府。
洪武十八年（1385），明太祖封其第十子朱檀为鲁王，藩兖州，升兖州为府，隶属于山东承宣布政使司，复置嵫阳县为兖州府治所在地，辖济宁、东平、曹、沂四州二十三县。嵫阳县改筑府城。
成化七年，因鲁王宫内多次发生火灾，祈盼以水克火，遂改嵫阳县为滋阳县。
清代仍设兖州府，治滋阳县，隶属山东省，辖一州十三县。
宣统元年(1909年) 4月，津浦铁路济(南)兖(州)段及兖州府站动工兴建。翌年11月6日，全线竣工通车。
1913年(民国二年)1月，废州府制，改道县制，撤销兖州府，滋阳县等均改属岱南道。
1914年(民国三年)6月3日，岱南道改称济宁道。济宁道先驻滋阳县，后驻济宁县，辖济宁县、滋阳县、曲阜县、宁阳县、邹县、滕县、泗水县、汶上县、峄县、金乡县、嘉祥县、鱼台县、兰山县(后改为临沂县)、郯城县、费县、蒙阴县、莒县、沂水县、菏泽县、曹县、单县、城武县、定陶县、巨野县、郓城县共25县。
1927年，国民政府废道，滋阳县直属山东省。
1928年滋阳城区置区称第一区，1947年称鲁城镇。
1948年7月13日兖州城解放，城区及四关属兖州市，农村属滋阳县。
12月底撤销兖州市，城区及四关并入滋阳县，称城关区，隶属尼山专署。
1950年5月，属滕县专署。
1953年7月，属济宁专区。
1956年8月城关区改称城关镇。
1958年11月，滋阳县并入曲阜县。
1962年1月，滋阳与曲阜分治，滋阳县改称兖州县，隶属济宁专署。
1966年8月调整区划，城区为镇；郊区称城关区，1984年5月改称城郊区，1986年12月更名为城郊乡，1994年11月18日易名为新兖镇。
1978年7月，属济宁地区。
1983年10月，兖州县隶属济宁市。
1992年9月19日，兖州县改称兖州市。
2013年10月18日，国务院批准撤销兖州市，设立济宁市兖州区。
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