清朝从整体上来说，总督仍然是偏军事的，而巡抚偏民政。而太平之乱是转折点。
以平叛太平天国来说，也可以很明显的看出来。
例如早期太平军入湘，朝廷是令湖督程矞采入湘督办军务(实未到)，而以湘抚骆秉章和湘提副之，长沙守城战中，南方来援的也是广督徐广缙(实驻湘潭未援)。后来骆氏再任湘抚，其支出的银子是湘军的主要饷源。
随着太平叛事搞大，由于战事吃紧，督抚均负责军事和税课。例如官文上任湖督后，鄂省东部军事和筹饷归鄂抚胡林翼，西部军事和筹饷归湖督官文。在1864年攻破天京时，曾国荃的头衔是浙抚。
太平叛乱之后，督抚的职能几乎已经相同，也为后来裁同城之抚奠定了基础。
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在山东、河南、山西三省，均无总督、无提督(巡抚虽兼提督事，但巡抚毕竟是文职，也不是真正意义上的提督)、无将军。也就是说，军事上，京师要承担总督、提督和将军的机能。
事实上也如此，太平叛军北伐，由江北大营的胜保为钦差大臣负责追击，后在山东阻击；在直隶又由皇室亲王为大将军，蒙古郡王、都统僧格林沁为参赞(副职)负责截击。在太平叛军败退时又负责在直隶、山东追击。
不过由于满官、蒙官无能，尤其是僧格林沁剿捻时败死。其后在追杀捻军时，先后由在平太平叛中的名将曾国藩、李鸿章接棒钦差大臣，在河南、山东及两江北部剿捻。也成为后来满蒙官员大量让出京师高官、地方大员的职务，汉臣逐步占据众多高位的重要原因之一。
从上面可以看出来，一旦近京三省发生重大战事时，由朝廷直接派钦差组织军队作战。
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