第一次平准战争结束时，乾隆帝曾考虑沿用“众建以分其势”的传统办法，对天山北路的卫拉特蒙古“就其四部，分封四汗”，对天山南路命大小和卓统率回部人众，总的精神是“示羁縻而已”。(《清高宗实录》卷五四八)然而阿睦尔撒纳的降而复叛使他受到巨大震动，他意识到用兵之后如不能继以强有力的政治经济措施来善后巩固，来之不易的统一局面就可能丧失，于是决意派驻大军，分设职官，改革原有行政体制以加强中央的直接管辖。这一意图的具体实施，表现在
军府体制及其辖下的三种民政组织上。
乾隆二十七年(1762年)十月，清廷正式任命明瑞为第一任总统伊犁等处将军(简称伊犁将军)，以伊犁为首府，驻节惠远城。关于将军职掌，当时规定：“凡乌鲁木齐、巴里坤所有满洲、索伦、察哈尔、绿旗官兵，应听将军总统调遣，至各回部，与伊犁相通，自叶尔羌、喀什噶尔至哈密等处驻扎官兵，亦归将军兼管，其地方事务，仍令各处驻扎大臣照旧办理。”(《清高宗实录》卷六七三)后又规定：“总统伊犁等处将军一员……节制南北两路，统辖外夷部落，操阅营伍，广辟屯田。”(《新疆识略》卷二)这样，
伊犁将军成为清朝官方在新疆的最高军事、行政长官，受权总揽全疆军政事务。 伊犁将军之下，设都统、参赞大臣、办事大臣、领队大臣等职，分驻南北疆各城管理当地军政事务，并从全国各地抽调满蒙八旗及绿营兵在全疆分布驻防。
军府制下，根据当地特点分别实行三种不同的民政管理制度。
1．州县制度 实行于北疆和南疆东部内地民人移居较多的地区，建置上有一逐步完善的过程。统一之初，民人稀少，体制简陋，仅派驻同知、通判、巡检等。乾隆二十四年(1759年)，巴里坤、哈密两处设立文员，次年初乌鲁木齐驻扎同知，并以巡检两员分驻昌吉、罗克伦。乾隆三十三年(1768年)，特纳格尔、呼图壁、奇台等地也驻文员，建立州县的条件基本成熟。乾隆三十八年(1773年)，清朝官府正式设立镇迪道，驻治乌鲁木齐，改巴里坤厅为镇西府，辖宜禾、奇台两县，
改乌鲁木齐同知为迪化直隶州，辖昌吉、绥来、阜康三县，州县体制由是大备。
2．伯克制度 “伯克”一词系维语，本意为首领，后用指地方长官。乾隆二十四年(1759年)，参赞大臣舒赫德开单呈报和阗等六城大小伯克职名、户口数目，将军兆惠则详细开列了喀什噶尔的15种伯克职名，如总理一城的阿奇木伯克、协助阿奇木的伊沙罕伯克及管理租赋、刑名、水利的商伯克、哈子伯克、密喇布伯克等。清廷先后任命了南疆31个城镇的大小260余名伯克，“各取其名，各司其事”<《清高宗实录》卷五九三，《平定准噶尔方略正编》卷六七，《续编》卷一三)。
清廷在因俗施治、任命维吾尔族贵族为各城官员管理民事的同时，又对其制加以改造。首先，废除伯克世袭，任免升降之权操自朝廷；其二，选人强调对朝廷的效忠态度，并责成驻各城的参赞、办事大臣监督考核；其三，为伯克制定品级，颁给印记，使其类同内地职官；其四，实行回避本城制度，防止在地方结党营私。
3．札萨克制度 这原是清廷在漠南、漠北蒙古地区实行的一种行政体制，札萨克可以世袭，对本部事务有较多的自主权；但必须经清廷任命，服从理藩院的政令。完成统一后，清将这一制度运用于从伏尔加河返回祖国的土尔扈特部以及和硕特部，先设十札萨克分地游牧，后改南、北、东、西四路，设四盟12旗。农业区中的哈密、吐鲁番也实行札萨克制，这是因为两地的维吾尔贵族率先投附清廷，参与平乱有功，特授王公爵位和札萨克称号，以示褒奖优宠。
采用军府制度治理新疆，历史上不乏先例，清代的新疆军府制吸取前代经验并加以改进，在两点上有明显进步：—是在更高的程度上达到了政令的统一；二是民政所占比重大为提高。政令的统一有利于营造和维护安定的政治社会环境，民政比重的提高意味着清廷正将经营的注意力从前代的过分偏重军事逐步转向加强当地的政治经济建设，这无疑是具有积极意义的重要变化。
节选自中华文史网
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