甘肃太子山自然保护区位于临夏回族自治州与甘南藏族自治州之间,东望甘肃莲花山国家级自然保护区,南与甘南藏族自治州临潭、夏河、合作、卓尼四县(市)毗邻,西连青海省循化县,北邻临夏州的康乐、和政、临夏三县。地理位置介于东经102°43′~103°42′,北纬35°02′~35°36′之间。全区呈狭长形,东西长约100公里,南北宽约10公里,总面积84700公顷。
1965年9月13日,根据甘肃省委、省人委甘发(65)359号《批复省林业局关于祁连山、子午岭林业局六个林业总场领导关系调整的意见》,成立太子山林业总场,下属紫沟、东湾、药水、新营、刁祁5个林场及1个槐山子专业苗圃,总面积88467公顷;1991年5月31日,临夏州府发[1991]54号文件决定原州太子山林业总场更名为“临夏回族自治州太子山水源涵养林建设总场”,原下放到各县的4个国营林场收归总场统一管理,管辖面积与1983年相同;2001年12月28日,省政府第144次常务会议决定,将临夏州太子山水源涵养林建设总场移交省林业厅直属管理,并改称“甘肃省太子山自然保护区管理局”,为事业性质,县级建制,所辖紫沟、东湾、药水、新营、刁祁5个林场均改称为保护站,加上槐山子苗圃,总面积84700公顷;2005年12月28日,甘肃省人民政府甘政函〔2005〕129号将太子山自然保护区批准为森林生态系统类型的省级自然保护区;2012年1月21日《国务院办公厅关于发布河北青崖寨等28处新建国家级自然保护区各单位的通知》国办厅〔2012〕7号文件,批准建立甘肃太子山国家级自然保护区。