根据国家发展改革委下发的《关于南水北调中线一期主体工程运行初期供水价格政策的通知》，中线工程各口门价格（即“出渠价”）分区段制定，共划分为6个区段，同一区段内各口门执行同一价格，水价随输水距离递增。根据通知，水源工程综合水价为每立方米0.13元（含税，下同），干线工程河南省南阳段、河南省黄河南段（除南阳外）、河南省黄河北段、河北省、天津市、北京市各口门综合水价分别为每立方米0.18元、0.34元、0.58元、0.97元、2.16元、2.33元。中线工程通水3年后，将根据工程实际运行情况对供水价格进行评估、校核
为了配合南水北调通水，2014年五月一日起北京开始施行“五.七.九”的居民水价，水价有三部分组成原水（即南水北调中线工程工程到京的口门水价）、城市自来水管网的运行费用，和污水处理费，原水费大概占水价的40%-50%。
北京居民 水价：第一阶梯用水量不超过180立方米，水价为每立方米5元； 第二阶梯用水量在181-260立方米之间，水价为每立方米7元； 第三阶梯用水量为260立方米以上，水价为每立方米9元。实际上城市人均用水量大概在200L出头（主要是洗漱、洗衣服和室内清洁）年均每人70-80立方米（这里面应该也包括环卫和绿化用水，可以采用中水）。北京有2000万人口，每年30多亿立方米的总用水量中城市生活用水已经占了半数。此外大部分是农村用水（主要是灌溉用水，包括一部分农村生活用水及养殖业的用水），主要是靠地下水。工业用水只占大概10%，除了食品、饮料和热电以外，大部分耗水工业已经搬离北京。目前南水北调（初期）分配给北京的用水定额已经满负荷利用，代替了山前地下水成为了北京城市的主要水源，北京城区地下水位逐年下降已经基本遏制。
中线工程分配给天津的水源也基本满负荷利用，取代引滦工程成为了天津主城与滨海地区的主要水源，天津（主城）水价略低于北京，居民生活水价分别是每立方米4.9、6.2、8.0元。由于南水北调对京津的供水逐年增加，引滦工程和密云、怀柔、十三陵等水库会有更多水源供给冀东、津北（宝坻、蓟州）、廊坊北三县和京郊的城乡用水和农田灌溉以及生态环境用水。
从北京向南，南水北调的口门水价会逐渐递减。南水北调正成为京广铁路沿线城镇自来水的主要来源，此外，京九铁路和滏阳河以东，直到渤海湾的黑龙港平原，包括衡水、河间、任丘、沧州、泊头等地，地表水资源缺乏且污染严重，地下水苦咸、水质差，历来是北方平原最为缺水的地方，也是河北省南水北调的主要受水区，由于距离总干渠较远，水价与京津相仿甚至稍高一些。
河南省境内，南水北调的口门水价大概就是一立方米一元左右或更低了。在南阳盆地、南水北调渠首的陶岔灌区，还有几亿立方米的农灌水，那只有每立方米两三毛钱了。
