清末废府首县的背景是要设立审判厅，这是清末新政的一部分。中国传统政治制度，地方上没有独立的司法机关，是由行政长官（比如县令）判案的。很多古装影视剧都有体现，比如大家十分熟悉的包青天故事，讲包拯在开封府断案，真实历史上他当时的身份是权知开封府。
清末新政的时候就提出来，地方上要设立独立的司法机关，也就是审判厅。这是清末地方官制改革的重点。
随之而来的问题是，中央文件（1908年《九年预备立宪逐年推行筹备事宜谕》）只说，到光绪三十九年（假如清朝还在，且光绪没死，这一年是1913年）各省、府、州、厅、县驻地要成立审判厅。但我们知道，省城和府城实际上也是县城。因此府城究竟要成立几个审判厅就成了关注的焦点。
最早引起争议的是江苏。而且江苏关注的点在于，它有很多对同城而治的县，比如苏州府城就是吴县、长洲县、元和县三县附郭。当年分县的时候，一个背景是业务太多，一个城池一个知县忙不过来。改革以后成立专门的审判厅，知县也就不用断案了，那么知县工作量就减少了，是否还有必要同城保留两个甚至三个知县呢？而且一算编制就更坏了——本来行政司法合一，一个县就一套班子，现在行政司法分开，一个县有两套班子，等于凭空多出来一堆编制要供养。对于这些同城而治的县，这笔账就更亏了。所以江苏人提出的解决办法是裁撤多余的县，每个城池就留一个县。比如南京城（江宁府城），本来有上元县、江宁县，江苏准备裁掉江宁县，只保留上元县，这样改革以后还是两套县级班子，而且空出来的江宁县衙门正好给上元县初级审判厅用。江苏算了一笔账，按照1911年的水平，这样裁县可以节省办公经费十余万两银子，省下的钱正好拨给各个审判厅用。
江苏的计划交到中央后，得到上面大力支持，还要向全国推广。但推广的过程中，发生了大跃进。江苏原计划只是裁撤同城多余的县，至少还留了一个附郭县。中央却要求把所有附郭县都废掉。
1911年3月2日，民政部发通知，要求“各省督抚，查明州县同城之处，一律奏明裁并，以省冗糜而杜纷歧”。湖广总督瑞澂就上报，计划把湖北十府首县都废掉。5月皇族内阁出台后，专门开了一次内阁会议讨论这事，觉得“以裁汰府城首县，提取原有款项筹设各府地方审判厅为合宜”。并且提出了三点改革理由：
一是改变以往知府不亲民事之况，知府由管官之官转变为亲民之官。知府易于了解地方蠹弊和民间疾苦，更便于其察吏整军；二是亲理民事的知府不再是充其位，投老养闲之职，有利于甄核人才；三是断绝首县迎送过往之陋习，裁除支应虚靡之弊。
然后6月的时候，中央就下令，“各省将各府同城首县概行裁汰，并入该府管理，照直隶州办法仍兼管属县；提取原有款项并划拨县署作为筹设地方审判厅之用，迅速设立府治审判厅”。
但我们知道，从中央文件出台到地方落地见效，这个过程不是光速实现的。首要问题就是人员安排。各地督抚考虑到，过去知府是不理民的，今后要管首县地盘的事，觉得现任知府都不合适。于是提出来一个逆天操作，免去现任知府，把原来附郭县知县提拔为新任知府。这个建议得到了很多地方督抚的赞同。于是这年9月的时候，浙江、湖北等省就开会研究相关问题。
然后我们知道，这年10月爆发了武昌起义。清朝废除附郭县的大计还没有彻底完成就灭亡了。
