大きく分けて、東京特別区（東京23区、特別区、区部。旧東京市）、多摩地方、伊豆・小笠原諸島（島嶼部）の三地域に分けられる。
第二次世界大戦中の1943年7月1日に、東京都制（昭和18年法律第89号）が施行され 、東京府と東京市を統合した形で、東京都が設置された。第二次大戦後の1947年に、地方自治法が施行された為に東京都制は廃止されたが、「東京都」の名称と行政区域は変更されず、現在に至っている。このため、東京都庁は、市役所（23区を包括する市）としての機能と、県庁として広域行政体としての機能を併せ持っている。
一般的に、「東京」と言うと、「東京市」の意味合いで区部（旧･東京市）を指す事が多い。しかし、「東京都」と言うと、「東京県」という意味合いで東京都全域（旧･東京府）を指す事が多い。
「都内」「東京都内」と言うと、多摩地方と島嶼部も含めて全域を指すが、区部（旧東京市）のみを「都内」と呼んで、多摩地方を都下と呼ぶ事がある。これは、県内と県下が同義である事を考えるとおかしな表現であるが、かつて「東京市内」「東京府下」とされた呼称が、都制施行時にそのまま「東京都内」「東京都下」に呼び変えられた事で起こった慣習的な表現だと言われている。 「都下」という呼び方は、「都下スポーツ大会」のように公的にも使われていたこともあるが、差別的あるいは見下したともみなせる表現のため現在では使われることが少ない。
「東京23区（特別区）」は、他の政令指定都市の「区」とは大きく形態が異なる。区長は公選制であり、近年には都からの権限委譲が進んでおりほとんど「市」と同様の自治体になっている。しかし、 住民が区から市への名称変更に抵抗があること、 残る権限委譲についてまとまってないことから未だに「区」との名称が残っている。
都庁舎の所在地は長年千代田区にあったが、1991年4月1日に新宿区に移転した。この新宿副都心に完成した新都庁舎は、展望台も設置された観光名所としても知られ、文化放送（港区）もサテライトスタジオを開設した。
都の見解による都庁所在地は新宿区であるが、特別区の総称としての都市名で「東京」とされる場合もある。天気予報では、特別区を「東京」として表示する。
特に東京都区部は、日本の首都として、司法・立法・行政の中心地であり、経済の中心地でもある。人口は12,577,819人（2005年12月1日現在）。日本の都道府県の中では、人口が最も多く、東京都区部を中心とした都市圏（首都圏）は、世界で最も人口が多い都市圏である。
