三门峡水利枢纽是新中国最早自主建设的水利枢纽之一，也是写入了全国人大通过的“55年黄河规划”的天字号工程。三门峡当时被认为是黄河中游最好的控制性枢纽坝址。当然，现在看来，晋陕峡谷和三门峡以下有比三门峡更好的坝址适合建设高坝大库。但地质条件都比不上三门峡，以当时新中国（包括苏联）的技术条件都难以建设高坝，甚至到上世纪八九十年代仍有许多技术难题，比如小浪底工程不仅利用了世行贷款，甚至聘请了许多西方（德法意）的工程人员，这在新中国的水利工程中是绝不多见的。
苏联专家在三门峡的规划设计阶段不会蠢到不考虑黄河的泥沙问题，苏联专家的主张是用淹没损失换取大的库容与综合效益，这与俄罗斯人崇尚英雄与牺牲的民族性格是一致的。苏联专家主张的360米蓄水600多亿的库容就是考虑了黄河下游百年不淤、兴利和调洪库容得到的。主要功能有：拦砂减淤，为黄土高原水土保持创造时间；防洪，基本上消除了千年一遇洪水对黄河下游的威胁；实现黄河水资源的多年调节；同时，清水下泄可以冲刷黄河下游成为深水航道，配合低水头航电（引水闸）梯级，可以实现海轮直到西安，并且是当时中国最大的发电站。
高方案（360米蓄水）比中方案（350米）工程量增加不多，但库容可以增加近一倍（300多亿立方米，和三峡水库总库容差不多，当然淹没面积和移民都要增加一倍)，按1960年以来潼关的实际输沙量计算，360米以下剩余库容至今仍然有300多亿立方米，仍可以实现水资源多年调节和防御1843年洪水。按目前前黄河实际输沙量每年不到2亿立方米计算，360米蓄水方案形成的新三门湖大概可以存在几百年。而350蓄水方案，库容只有300多亿，在二十世纪末就会基本被淤死，当然在淤积的过程中会重新形成关中平原。但是由于翘尾巴淤积的问题，渭河将会从中游（咸阳以西）形成地上河。同时，需要在黄河干流其他地方重新建库蓄水。按：当时，不仅苏联在东欧伏尔加-顿河-第聂伯河搞了成千上万平方千米的湖泊型水库，美国、加拿大、英国，全世界都流行修高坝大库，比如英国在前殖民地加纳搞的沃尔特水库（阿科松博坝，Akosombo Dam)，淹没面积巨大，但发电装机并不是很大。
陕西方面认为淹没面积太大（整个关中平原不超过1万平方公里），移民困难，始终反对搞大三门峡，更愿意在三门峡搞低水头（50-60米）的径流电站（就像青铜峡一样），回水不超过潼关。果然还没到335米，移民就移不动了，并且开始在渭河洛河下游修建堤防，保护335m以上的平原。不仅340米的初期蓄水计划没有实现，实际上库区水位基本上没有达到过330米。
由于335米以下的库容只有不到100亿，当然难以吃下每年一二十亿t的泥沙，造成大量泥沙在潼关以上溯源淤积，渭河回水影响到西安。为此，周总理又组织协调了三门峡的两次改建，确定了“保下游、保西安”的方针。全国水利专家集思广益，确定了一方面增大三门峡下泄流量，蓄清排浑，溯源冲刷，一方面加强水土保持，减少入黄泥沙，以减轻三门峡水库淤积，实现长期运用，在防洪（凌）的同时兼顾灌溉、发电、水产养殖；同时，加强黄河下游堤坝建设（新中国成立以来共三次加高黄河大堤），通过上拦下导保障黄河安澜，并综合治理渭河下游内涝和盐碱化的一揽子方案。
小三门峡水库水资源多年调节的作用完全丧失，发电量大为减少，主要作用是防洪。335米的淹没高程就是主要根据防御1933年型洪水的需要确定的，当然如果发生达到或超过1843年量级的洪水，为了保证下游大堤不决口，三门峡水库蓄水仍然会达到340米甚至更高，淹没关中平原东部。1960年以来三门峡水库共调解大于每秒10000立方米以上洪峰六次，同时由于1970年前大量泥沙在水库中淤积，黄河下游发生冲刷，随后回淤，基本实现了1960-1970 年黄河下游10年不淤。三门峡水库为战胜1985、1996、2012年洪水、实现近60年来安澜的黄河做出了贡献。今天为了防御1843年洪水，仍然需要小浪底与三门峡水库联合调度，并需要三门峡蓄水到335米高程。根据1990年代的后评价，三门峡大坝封顶三十年来的防洪效益已经超过了工程的总投资。三门峡水库在在防洪（凌）的同时还以兼顾灌溉供水、发电、水产养殖等方面的效益。
