即使在荷治時期,荷印對巴布亞的統治也極其薄弱。更大程度是與德國、英國在地圖上就「宣稱主權」的外交角力。至1920年代,荷印當局頂多在鳥頭半島有點實際影響力而已。
即使在二戰以後印尼獨立戰爭期間,巴布亞也一直沒有劃進新獨立的印尼版圖之內。至1960年代印尼才揮軍佔領了巴布亞。
因此,印尼對巴布亞的主權,實在很有問題。
不過,巴布亞與東帝汶有不少分別:
東帝汶在印尼佔領前,已經是很成熟的葡萄牙殖民地。相比之下,巴布亞在印尼獨立後雖然一直保持「荷屬畿內亞」的地位,但荷蘭本身對巴布亞的影響就非常有限,因此很難指望巴布亞會好像東帝汶般得到前宗主國的聲援。
另外,就土著而言,東帝汶雖然窮,但土著集中、文化程度較高。而巴布亞地廣人稀,分散在眾多大大小小的部落,而且文化程度極低,很多依然停留在原始時代。能否有效動員土著爭取自治,實在很不樂觀。