中华人民共和国成立前，该地区未正式设立，只有少数俄罗斯人和鄂伦春族猎民游猎，经常出现在此地。中华人民共和国成立之后，该地区隶属于内蒙古自治区的鄂伦春自治旗。
1953年开始，国家相关部门在这里进行森林调查和勘察。
1960年7月，成立加格达奇林业局，同年11月，设置加格达奇镇。
1964年2月，开发大兴安岭的工作开始，统称为林区会战，指挥部就设在加格达奇镇。
1964年10月，加格达奇镇党政机关及其所属部门全部交给会战指挥部，加格达奇镇与鄂伦春自治旗的隶属关系脱钩。
1965年3月，加格达奇镇被并入松岭林业公司，并撤销了镇的机构建制。这就形成了政企合一的特殊行政规划。
1966年4月20日，由于开发森林资源，支援国家建设，国务院在黑龙江省与内蒙古自治区协调的基础上，以国内字115号文件批准将鄂伦春旗东北部在原属地不变的原则下划入大兴安岭特区。
1967年末，重新组建加格达奇镇。
1970年2月，经国务院批准，加格达奇镇改称加格达奇区。设为大兴安岭地区行政公署所在地。
1979年7月1日，中共中央、国务院《关于恢复内蒙古自治区原行政区划的通知》（中发〈1979〉42号）又明确：松、加两区仍归黑龙江省管理，原属地权不变。
2004年11月25日，呼伦贝尔市政府向内蒙古自治区政府上报了《关于松岭加格达奇两地实行属地管理的请示》（呼政发〈2004〉96号）。强烈要求收回松、加两地。该市认为，大兴安岭林业开发的实质意义随着“天然林保护工程”的实施已不存在，为促进该区经济社会整体发展，请求自治区帮助该市收回松岭、加格达奇地区管理权。
现在加格达奇区建设得这样好，况且还是大兴安岭地区的行政公署所在地，人数也是最多的，他们虽然身份证是黑龙江人，但是却要在内蒙古的土地上生活，这个问题越拖越久下去也不好，如果内蒙古真的不放弃，那还不如真的趁早搬行政公署算了。将人尽早迁过去黑龙江，免得到头来为他人作嫁衣妆呀。毕竟这个地方只是租界。两边都不松手，受害的都是这一片土地的人，越发达不是越不舍得放弃？感觉业权什么的不清楚到时发展还是会有点前景不明朗呀，感觉有点像香港了，建设到最后还是要回归。呵呵。
