新疆军区(新疆乌鲁木齐)：副大军区级，隶属兰州军区。
新疆军区直属部队：南疆军区（新疆疏勒），通信团（新疆乌鲁木齐），第9工兵团（新疆乌鲁木齐），第31防化团（新疆乌鲁木齐），第1独立团（新疆乌鲁木齐），第2独立团（新疆喀什叶城），电子对抗团（新疆乌鲁木齐），汽车团（新疆乌鲁木齐），测绘大队（新疆乌鲁木齐）。
第8摩步师（新疆塔城乌苏），69230：反恐独立营（新疆伊犁奎屯）、69232，第22团（新疆独山子）（第22团二营六连为民族团结好六连）、69231，第24团（新疆石河子）、69233，炮兵团（我军炮兵团中唯一的红军团）（新疆塔城沙湾）、69234，高炮团（新疆伊犁奎屯）、69235，装甲团（新疆石河子）、69236。
第11摩步师（红军师）（新疆乌鲁木齐），69240：第31团（红军团、长攻善守英雄团）（新疆昌吉州吉木萨尔）、69241，第32团（红军团、勇猛顽强英雄团）（新疆吐鲁番）（第32团二营四连为甘南剿匪英雄连、第32团三营为钢铁三营）、69242，炮兵团（新疆乌鲁木齐达坂城）、69243，高炮团（新疆昌吉阜康）、69245，装甲团（新疆乌鲁木齐）、69246。
第2炮兵旅（新疆乌鲁木齐西山），69250。
高炮旅（新疆乌鲁木齐），69260。
第3陆航旅（新疆五家渠），69008，我军最早由陆航团升格成的陆航旅。
南疆军区（军级）（新疆疏勒）：军区直属部队：通信团（新疆疏勒）、工兵团（钢铁工兵团）（新疆疏勒）、汽车团（新疆疏勒）、特种兵大队（西域天狼）（新疆喀什）、69290。
第4摩步师（红军师、天山雄师）（新疆阿克苏库车），69220：第11团（红军团）（新疆阿克苏）（第11团一营一连为红一连、二营四连为特功四连、二营五连为民族团结模范连）、69221，第12团（红军团）（新疆巴音郭楞轮台）、69222，炮兵团（新疆阿克苏拜城）、69223，装甲团（老虎团）（新疆巴音郭楞和静）（装甲团一营三连为喀喇昆仑硬八连），高炮团，通信营，侦察营，工兵营，防化营，修理营，汽车营，教导队。
第6机步师（新疆和田），69210：第17团（新疆和田）、69214，第18团（新疆喀什疏勒）（第18团一营一连为进藏先遣英雄连）、69215，第21装甲团（新疆喀什叶城）、69213，炮兵团（新疆喀什疏勒巴仁）、69216，防空兵团（我军目前唯一一个师属防空兵团）（新疆喀什莎车）、69218。
新疆军区下辖各军分区边防团：
第1边防团（新疆哈密巴里坤）,69330：阿尔泰山东段，中蒙边界。
第2边防团（新疆昌吉奇台）,69332：阿尔泰山中段，中蒙边界。
第3边防团（新疆阿勒泰哈巴河）,69344：额尔齐斯河,友谊峰，中俄、中哈边界。北湾边防连为“蚊虫王国”，白哈巴边防连为“西北第一哨”。
第4边防团（红军团）（新疆阿勒泰富蕴），69340：阿尔泰山西段，中蒙边界。
第5边防团（新疆塔城额敏），69337：额敏河，中哈边界。塔斯提边防连的塔斯提哨所即为“小白杨哨所”。
第6边防团（新疆塔城托里），69338：艾比湖北、额敏河南，中哈边界。
第7边防团（新疆博尔塔拉州博乐），69339：赛里木湖北，艾比湖南，中哈边界。
第8边防团（新疆伊犁霍城惠远），69348：霍尔果斯河、伊犁河，中哈边界。
第9边防团（新疆伊犁昭苏），69349：特克斯河，中哈边界。
第10边防团（新疆阿克苏乌什），69312：天山西段，中吉（尔吉斯斯坦）边界。
第11边防团（新疆克孜勒苏柯尔克孜州乌恰），69313：托什干河南，帕米尔高原北，中吉（尔吉斯斯坦）、中塔（吉克斯坦）边界。斯姆哈纳边防连为我国土最西端的驻军，被誉为西陲第一哨，1999年3月，该连被兰州军区授予“西陲戍边模范连”荣誉称号。
第12边防团（新疆喀什塔什库尔干），69315：帕米尔高原、喀喇昆仑山北段，中塔（吉克斯坦）、中阿（富汗）、中巴（基斯坦）、中印（控克什米尔）边界。红其拉甫边防连驻守的红其拉甫口岸为中巴边界。
第13边防团（西藏阿里狮泉河），69316：喀喇昆仑山南段、喜马拉雅山西段，中印、中尼（泊尔）边界。神仙湾哨所为我军最高的哨所，海拔5382米，1982年被中央军委授予“喀喇昆仑钢铁哨卡”。
