从末次大冰期结束以来，长江中下游河道是不断淤积上升的，这也是鄱阳湖、洞庭湖形成的根本原因，不过长江中下游河道再次下切，在大自然的沧海桑田面前也算不上什么。和三峡大坝相似，鄱阳湖、洞庭湖的形成都是因为长江干流壅水。鄱阳湖的形成主要还是自然因素，但洞庭湖则是“三分自然、七分人力”，如果没有荆江大堤挡水，现在已然是“洞庭竭，云梦沉陆”，三峡工程的一个作用就是延续洞庭湖的寿命。
（一）古海湾 彭蠡泽 鄱阳湖
鄱阳湖区的历史水面比现在小很多，而且比现在靠北，鄱阳湖中心西汉时期还曾经有个枭阳县。以目前湖口最高洪水位，如果没有圩堤挡水，鄱阳湖汛期水面将淹没南昌，达到上万平方千米。鄱阳湖水面扩大，一方面与地质沉降有关；另外一方面也是长江和赣江泥沙在九江附近形成三角洲淤积，造成古彭泽解体，并抬高了水位。
三峡大坝坝后清水下泄，长江干流河床下切，连带湖口和鄱阳湖水位下降，从地质过程上讲，不值得什么大惊小怪。
在距今一万多年前的末次盛冰期，长江中下游曾经出现过一次长达数千年的河床切割过程。末次盛冰期，东海大陆架大部分成陆，发源于唐古拉山的大江从而延伸到琉球海沟入海，从而形成一万五千里的长河，超越当时的亚马孙河和尼罗河，成为当世的第一长河，东海大陆架有西到东的高差在200米左右，而从宜昌三峡出口到上海，今天长江中下游的落差不过50米。也就是东海水面以下古长江的比降比今天长江中下游的比降要大很多。这不符合大江从源头到入海口河道比降逐渐减小的一般规律。为了形成均衡比降，长江中下游在历史上出现过一次下切过程，形成了在今天海平面以下的谷地。如在南京附近已经发现多级埋藏阶地。末次盛冰期长江河槽约在今天海平面以下65-90m。
末次盛冰期结束以后，全球海平面回升，长江下游河谷被海水淹没，从而形成了一个比今天杭州湾还有大得多的古海湾，曾经一直淹没到大别山脚下。长江下游平原的形成就是近13000年来的沉积物填平古湾的过程。在古峡湾成陆的过程中，在长江中游与下游的交汇处，曾经有一个大的湖泊——彭蠡泽，并存在了几千年。
彭蠡泽大体位于今天江西省九江市东北方向，在九江以西，江北有大别山，江南有九宫山-幕府山，是长江下游古海湾的顶点，滚滚东去的长江水携带的泥沙在这里形成三角洲淤积。长江也在三角洲上分叉漫流。九江之“九”也是形容漫流条数之多。九江以东又有赣江由南向北注入长江。赣江最末端也是出于山峡之中，西侧有庐山，东侧有今九华山、黄山等江南群山。九江西北的三角洲在不断发展过程中，其沙嘴不断向东延伸，逐渐将长江主河道与彭蠡泽分离出来，使彭蠡泽由一个过水湖泊，逐渐江湖分离，向北收缩到三角洲的左翼，即今天皖西的。而三角洲轴部，则成为今天长江北岸与皖西湖泊之间的长近200公里，宽约30千米的地峡地带。当然，在三角洲淤积过程中，古彭蠡泽被分割成了南北两部分，沙嘴阻碍了赣江水流的下泄，使鄱阳盆地北部水面面积扩大、水位上升，在隋唐之际，烟波浩渺的彭蠡泽已经不复存在，取而代之是在三角洲右翼的鄱阳湖，饶河、信江、修水等也由注入赣江干流，变为独流入湖，抚河则在入赣与入湖之间徘徊。
（二）云梦泽 洞庭湖 江汉平原
与彭蠡泽-鄱阳湖的关系一样，云梦泽-洞庭湖也是在湖泊古三角洲南北两翼的跷跷板式移动。
长江出三峡以后，形成了以宜昌为顶点的三角洲，三角洲淤积不断向前发展，就是云梦泽形成江汉平原的过程中，在此过程中三角洲沙嘴形成了长江北岸的自然堤。从1600年前的东晋时代开始，人们就以自然堤为基础，在长江北岸筑堤防水，围垦云梦大泽。开始堤防还不连贯，有很多穴口向江汉平原分流，唐宋时期有“九穴十三口”的说法。由于泥沙不断沉积，荆江河床已高出两岸平原。九穴十三口分流洪水的同时，又有大量泥沙淤塞，分流作用越来越小，同时为了人们进一步扩大耕地面积，开始筑堤堵口。明嘉靖年间(公元1524年)，最后一个位于北岸的“郝穴”被封堵，至此，在荆江北岸形成了连成一线的荆江大堤，也形成了单一的荆江河槽和广阔富庶的江汉平原，云梦泽全部消亡。
荆江河床是一个逐渐淤高的过程，由于城陵矶水位不断升高，荆江洪水的倒灌，洞庭湖进一步扩大，替代云梦泽成为了调蓄长江洪水的天然场所。每年的洪水期，更多的江水自城陵矶倒灌入洞庭湖，迫使洞庭湖“南连青草，西吞赤沙，横亘七八百里”。
北宋时期，范仲淹在《岳阳楼记》中写到“巴陵胜状，在洞庭一湖，衔远山，吞长江，浩浩汤汤，横无际涯；朝晖夕阴，气象万千。此则岳阳楼之大观也，前人之述备矣。然则北通巫峡，南极潇湘，迁客骚人，多会于此”。
从1524年荆江北岸最后一个“郝穴”堵口，荆江大堤连成一线后，到1860年荆江南岸藕池溃口前，洞庭湖的全盛时期维持了300多年。洪水期湖面面积达到6000多平方千米，成为了我国第一大淡水湖泊。
清咸丰二年（公元1852年）荆江南岸的藕池溃口，清咸丰十年（公元1860年）发生特大洪水，将原溃口扩大并冲出一条藕池河。清同治九年（公元1870年）又一次历史上罕见的姊妹特大洪水使荆江南岸松滋溃口，同治十三年（公元1873年）再溃，洪水又冲出一条松滋河。从1873年开始，形成了荆江洪水从松滋口、太平口（虎渡口）、藕池口、调弦口等四口分流入洞庭湖的局面。
1860年到1873年的14年间，是洞庭湖由兴变衰的转折点。四口分流，大量的洪水携带泥沙带入洞庭湖，洪水从城陵矶汇入长江，而泥沙却淤积在洞庭湖。1650年至1852年间，洞庭湖水面积达约6000平方千米，容积在400亿立方米以上，四口分流以后，平均每年有9800万立方米泥沙淤积在洞庭湖，加之，人们在浅水沼泽上筑堤垸围垦，洞庭湖区水面面积以年均约18平方千米的速度锐减。1949年，湖面已缩小到4350平方千米，容积约为293亿立方米；到1998年大洪水前，完整的洞庭湖已经名存实亡，被堤垸分割为东洞庭湖、横岭湖、万子湖、目平湖、大通湖等若干子湖，湖区汛期总水面面积缩小到不足2700平方千米；全国第一大淡水湖泊的地位只得让位给鄱阳湖（汛期水面面积约3500平方千米）。
洞庭湖的形成既有自然因素，也是因为明朝中叶起，官方在荆江治理上采取“舍南保北”的政策，这里面可能有一定的偶然性。首先，嘉靖皇帝登基以前是荆州钟祥（今属荆门）人士，钟祥也是嘉庆父母陵墓的所在地，而且明清之际荆州士子人文鼎盛，包括大明朝一代名相张居正。总之，荆江北溃的机率逐渐减小，这在减轻了荆州水患的同时，也使得荆江河势发生不可逆转的变化，也增加了今天两湖水利的复杂性。现在两湖水利的大势已经是南高北低，洞庭湖是“地上湖”，而每年严防死守的江汉平原则是一个低于长江、汉江水位的“大锅底”，等于是把荷兰的围海造田搬到了内陆。
荆江大堤形成以后，江汉平原由于地势低洼，排水不畅，在堤垸的底部，又积水形成了很多内湖，因此湖北省又被成为千湖之省，在城陵矶以下，江汉交汇一带，还有洪湖等很多通江湖泊。1949年以后，在洞庭湖名存实亡的过程中，江汉平原底部的湖泊又进一步被围垦，通江湖泊多数已经建闸门控制，失去了调蓄水源的能力。因此，荆江河段超量洪水难以宣泄的问题进一步突出，虽然除了荆江分洪工程以外，在荆江沿岸的监利、洪湖、城陵矶附近安排了若干个行蓄洪区可以容纳大概200亿的洪水，但是由于人口和经济问题，这些行蓄洪区一旦动用，代价巨大，甚至基本已经难以动用。
新中国成立以后，荆江的治理进入一个全新时代：一是加强荆江大堤，二是修建行蓄洪区，并将下荆江截弯取直，以分减荆江洪水，提高荆江的宣泄能力，同时在上游修建水库，也就是上拦下泄，两岸分滞的综合体系。
但荆江大堤的防洪标准只有不到五十年一遇，近几十年出现44-45米高水位的概率不断增加。因此荆江北溃改道的可能性也在不断积累。有关论证预测，若无三峡工程，荆江大堤万一在沙市盐卡发生溃口，设想水位44.6米，溃口瞬间冲开的口门可达1500米，最大水量可达每秒5万到7万5千立方米，水头高12米多；第一天进入江汉平原的水量将达45.7亿立方米，10天进入平原的水量约400亿立方米，将有2000平方公里水深达到2米；长江有可能因此改道。在现有人口密度上，溃口造成的死亡人数，白天至少50万人，夜间至少在70万人。而且这2000万平方公里也是中国内陆最富庶的地区之一，即使平静的退田还湖，淹没的固定资产也要达到几千亿甚至上万亿元，是在实践中行不通的
三 三峡工程在延续洞庭湖的生命万里长江险在荆江。荆江的最大问题是控制进入荆江的洪水，因此，三峡工程最大的作用是防洪，减进入上荆江的洪水流量。作为特大型水利枢纽三峡工程按千年一遇洪水设计，可能最大洪水校核。三峡是混凝土重力坝，虽然不会与天地同寿，但会比我们的寿命要长久的多，然而天塌地陷了，江汉平原还会安然无恙乎？
按照现在上荆江的行洪能力，洪峰流量达到8万，即使动用荆江蓄洪区也不敢保证荆江大堤不溃决，现在洞庭湖底抬升，荆江南泛的可能性越来越小，江汉平原高程比荆江水位低了10-20m，水往低处流，只能是淹没江汉平原，恢复云梦大泽。但是这是不可能允许的。因此，谁也无法承受荆江大堤溃决的后果。所以必须把川江洪水控制在进入荆江以上。一旦荆江改道，洞庭湖也将不复存在。
三峡145米和175米水位之间，有221亿立方米的防洪库容，而川江巨洪次洪水总量至多也就是1000亿立方米（多年平均，川江一年的径流量是四五千亿立方米），所以三峡水库足以将千年一遇川江每秒10万立方米的洪峰流量消减20%以上，减小到每秒7-8万立方米，但是这还是需要综合运用行蓄洪区才能保证荆江的安全。不过每秒6-8万的洪水，通过三峡之后都会消减到6万以下的安全流量，就不用动用几十万人上江堤严防死守了，使荆江大堤的防洪标准由20年一遇提高到50年到100年一遇。使荆江北泛的风险几乎不复存在
而且四口分流使洞庭湖在不到一个半世纪的时间里淤积了超过一半的库容，三峡工程蓄水拦沙以后，通过四口进入洞庭湖区的泥沙也大大减少，缓解了洞庭湖淤积的过程。
因此，三峡工程可以从根本上改善长江中游的江湖关系，特别是也有助于江湖平原的防洪和排涝（渍）。
当然，城陵矶与湖口同流量水位下降，这可能是三峡规划论证时候所未能预计到的。因为江湖关系是动态的矛盾平衡体。近几百年来，特别是1949-1989年间，长江流域水土流失加重，荆江河道不断淤积抬高，这是两湖水患的根本原因，三峡清水下泄冲刷河床，只是为了恢复历史常态；但是历史已经无法恢复，泥沙淤积其实是淤积在同时河槽与滩面上的，现在清水下泄只是冲刷河槽，滩面很少冲刷，甚至仍然在淤高，这其实是冲槽淤滩的塑造河流平衡断面机制，平滩流量增大，对防洪有利。三峡工程规划时期城陵矶水位问题主要是指由于上荆江冲刷的泥沙可能会淤积在城陵矶附近江段，造成水位抬高，这里主要是指非汛期水位。但峡蓄水后，由于来沙量显著小于预期，所以城陵矶江段淤积问题并不突出，甚至城陵矶-九江江段也出现了冲刷的趋势，连续非汛期连续出现极低水位。如果城陵矶江段发生冲刷，溯源侵蚀甚至可以通过洞庭湖底，延伸到湘江下游，使非汛期洞庭湖基本消失，成为一河汊型湿地。
洞庭湖区非汛期水面缩小，水位下降，产生新的水利矛盾，但这和防洪无关。由于四口分水量减少，每年汛前期（特别是早稻插秧期间）洞庭湖北岸平原可能会越到旱灾。当然，解决办法也很多。比如建闸涵引水，另外湖区地下水丰富，利用地下水抗旱也很方便，还可以腾出地下水库容，减少汛期涝渍。同时枯水期城陵矶处于低水位，会加速洞庭湖排空，甚至发生溯源侵蚀，溯源侵蚀可以通过洞庭湖底，延伸到湘江下游，使非汛期洞庭湖基本消失，成为一河汊型湿地，对于渔业不利，但是洞庭湖也不是一直就有的。近几百年洞庭湖水面的维持很多程度上就是人力战胜了自然规律。没有三峡工程，这一脆弱的平衡也很容易被破坏。
当然城陵矶水位较高，可以抑制洞庭湖排空，维持洞庭湖水面，但是这是以长江北岸的江汉平原涝渍害加重为代价的。因为城陵矶水位超过25米，就会影响江汉平原的排水。
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