不可能没影响的，而且可能不小。比如合并前宁波港是国家级大港，舟山港是地方港（全国第一大地方港）。
宁波港的进出的大型船只，都是通过虾峙门水道（舟山群岛南部的虾峙岛——桃花岛之间的水道，为深水航道）进出。
但是因为两港行政分离，宁波港与舟山港在航道整治方面就需要比较麻烦的协商，目前合并后的宁波舟山港，已经开始对虾峙门水道进行整治。
对宁波——舟山港而言，虾峙门航道的整治是第一要务，因为这是目前连通东海与太平洋的唯一通道。目前的通航能力，只能供20万吨级船舶满载乘潮通过，如果整治，就可以提高到30万吨级。
另外目前，合并后的宁波舟山港，又开始开辟第二条大型船舶的进出航道——条帚门航道——位于虾峙岛与六横岛之间。这两件航运上的大事，都是在宁波舟山港合并后进行，可见影响是很大的。
对舟山港（舟山本岛南部港区）而言，以目前的情况来看，与宁波港整合，是有很多好处的，而宁波港因为航道通过舟山，所以合并也有益处。既然两港已经顺利实现合并，那么可见双方是已经谈判妥当了。
