《隋書》所記載的流求，其所指究竟為今天的台灣，或者是琉球，或者甚至是其他的地方，一直是台灣史學界長久以來爭論的問題。持不同意見的人，「聚訟紛紜，各持己見，至今仍時有爭論」(曹永和 1979，5)。史明(1980，26)總結台灣、中國大陸、日本、和西歐眾多學者對於流求的各種不同解釋，認為結果可以歸為以下三種不同的說法：
(1). 流求是指今日的台灣；
(2). 流求是指今日的琉球群島；
(3). 當時所謂流求泛指琉球群島、台灣等中國大陸東方海中的一連串島嶼。
雖然有人認為《隋書‧流求國》上所記載之流求人的習俗，似乎是與台灣原住民的文化比較接近。然細讀《隋書》卷八十一列傳第四十六有關流求國約千字的描寫敘述，實在很難令人確認指的即是台灣原住民。
「流求」這個在隋代所使用的名稱，一直到宋代還被繼續使用，然後再到元代也仍然存在這個名稱，只是改寫為「琉求」或「瑠求」(史明 1980，26-7)。然而，在中國史書的記載上，卻有相當多的著作不同意這種將「流求」視為是台灣的見解。其中有的認為隋代的這個「流求」是現在的琉球，並不是台灣，支持第一種說法的著作，以刊行於1737年的清朝官方史書《福建通志》(郝玉麟監修；謝道承等編纂)為代表(轉引自彭明敏、黃昭堂 1995，29-30)。
此外，也有更多的著作，雖然並未宣稱隋代的這個「流求」是現在的琉球，但是卻對「將隋代流求視為台灣」的這種見解，抱持著相當不以為然的態度。清代朱景英所著的《海東札記》(見朱景英 1958，1)、以及清代林豪所著的《澎湖廳誌》(見林豪 1963 第一冊，53)，都對這種見解提出相當程度的質疑。在陳衍(1856年-1938年)所著的《臺灣通紀》中，他這樣描述：「隋大業中，虎賁將陳稜一至澎湖，東向望洋而返」(見陳衍 1961，51)。就這段文字來看，陳稜雖然抵達了澎湖，但是並未再繼續前進而立刻折返。也就是說，他根本未曾遠征過台灣。此外，清代的陸應陽於1686年所著的《廣興記》〈琉求傳〉中，也有以下這段文字：
國王有三，中山王、山南王、山北王，漢魏以來不通中華。隋大業時，遣羽騎朱寬，訪求異俗，始至其國，言語不通，掠一人以還。歷唐宋共未朝貢。至明洪武初，三王皆遣使朝貢，後止。中山王來朝，而許王子及陪臣子來遊大學，蓋山南山北二王相併。……澎湖近福州郡界，天氣晴朗時，望之隱然在煙霧之中……。(引自史明 1980，27)
陸應陽的這段話基本上語焉不詳，其所描述的三個王國則與琉球(沖繩)歷史上的「三山時代」相吻合，顯然不是指現今的台灣。從以上的這些證據來看，我們很難有一個明確的結論，可以判斷隋代的流求國到底指的是現今的那一個地方。彭明敏和黃昭堂(1995，29)認為，「以流求(琉求)指現在的琉球而非指台灣，是從明末開始的」。一直要到那個時期以後，中國大陸的漢人才對琉球群島和台灣的區別，有比較清楚的認識，也開始把現在的琉球稱為「大琉求」，而台灣北端則被叫做是「小琉求」(今日台灣的西南角海上也有個小島名叫「小琉球」)。因此，史明(1980，27-8)認為隋代的「流求」不能說只是指台灣島，而應該採取第三說，即認為「流求」乃是包括現今琉球群島和台灣等島嶼的總稱，比較恰當。(史明：流求 1980)
這種對「流求等同於台灣」之說法的質疑，也可以在不少當今學者的著作中找到，比如說幣原坦(1938)、郭弘斌(2003)、康才媛(2001)、賴福順(2000)、以及張士丞(1971)等。
明朝嚴從簡在《殊域周咨錄》中亦言：「《祖訓》中載有大琉球、小琉球之別。小琉球不通往來，未嘗入貢，則今之奉敕封為中山王者，乃大琉球也。」 如是看來，不論「小琉求」指的是不是台灣，也是與中國「不通往來，未嘗入貢」。
