１９９４～１９９７年
１９９４年，继续推进并力求尽早完成中央政府机构改革，积极推进地方政府机构改革。重点是转政府职能，并要做好三个方面的工作：一是把属于企业经营自主权范围的职能切实还给企业；二是把配置资源的基础性职能转移给市场；三是把经济活动中社会服务性和相当一部分监督性职能转交给市场中介组织。
到１９９４年底，中国有１３０多万个事业单位，２６００多万从业人员。
１９９５年，机构改革的工作重点是抓好省级机构改革的方案和市地县乡的改革，制定事业单位机构改革的方案和主要措施，推动事业单位改革的不断深化。事业单位的改革是机构改革工作的一个重点。改革的原则是政事分开和社会化。目标是建立符合事业单位自身发展规律、充满生机与活力的管理体制和运行机制。重点是搞好事业单位的分类管理。
省级机构改革方案实施的关键在于搞好定职能、定机构、定编制的“三定”工作。市地县乡的改革，要认真做到有利于发展农业和农村经济，深化企业改革，加强党的基层组织建设。
１９９７年，随着１月国家电力公司的组建成立，政府机构改革进一步深化，国家其他专业经济部门也进一步深化改革，逐步改组为不具有政府职能的经济实体，或改为国家授权经营国有资产的单位，或改为行业管理组织，将原有的政府管理职能转移给政府综合部门负责。
１９９８年——消除政企不分的组织基础
１９９８年３月１０日，九届全国人大一次会议审议通过了《关于国务院机构改革方案的决定》。
改革的目标是：建立办事高效、运转协调、行为规范的政府行政管理体系，完善国家公务员制度，建设高素质的专业化行政管理队伍，逐步建立适应社会主义市场经济体制的有中国特色的政府行政管理体制。
改革的原则是：按照社会主义市场经济的要求，转变政府职能，实现政企分开；按照精简、统一、效能的原则，调整政府组织结构，实行精兵简政；按照权责一致的原则，调整政府部门的职责权限，明确划分部门之间职责分工，完善行政运行机制；按照依法治国、依法行政的要求，加强行政体系的法制建设。
１９９８年改革的目的与目标高度协调。推进社会主义市场经济发展是目的，尽快结束专业经济部门直接管理企业的体制是目标。１９９８年改革历史性的进步是，政府职能转变有了重大进展，其突出体现是撤销了几乎所有的工业专业经济部门，共１０个：电力工业部、煤炭工业部、冶金工业部、机械工业部、电子工业部、化学工业部、地质矿产部、林业部、中国轻工业总会、中国纺织总会。这样，政企不分的组织基础在很大程度上得以消除。众多的工业专业经济部门是计划经济时代的产物，在当时的历史条件下，这些工业专业经济部门可以说是资源配置的载体，是落实经济计划的依托。但是在建立社会主义市场经济体制的过程中，这类部门的存在不利于充分发挥市场在资源配置中的基础作用，不利于充分发挥企业的微观经济主体地位。在一定意义上说，撤销工业专业经济部门就是取消了国家与企业之间的“二道贩子”，消除了政企不分的组织堡垒。
根据改革方案，国务院不再保留的有１５个部、委。包括：电力工业部、煤炭工业部、冶金工业部、机械工业部、电子工业部、化学工业部、国内贸易部、邮电部、劳动部、广播电影电视部、地质矿产部、林业部、国家体育运动委员会、国防科学技术工业委员会（组建新的国防科学技术工业委员会，将原国防科工委管理国防工业的职能、国家计委国防司的职能以及各军工总公司承担的政府职能，统归新组建的国防科学技术工业委员会管理）、国家经济体制改革委员会（为了加强国务院对经济体制改革工作的领导，国家经济体制改革委员会改为国务院高层次的议事机构，总理兼主任，有关部长任成员，不再列入国务院组成部门序列）。
新组建的有４个部、委：国防科学技术工业委员会、信息产业部、劳动和社会保障部、国土资源部。
更名的有３个部、委：国家计划委员会更名为国家发展计划委员会；科学技术委员会更名为科学技术部；国家教育委员会更名为教育部。
保留的有２２个部、委、行、署：外交部、国防部、国家经济贸易委员会、民族事务委员会、公安部、国家安全部、监察部、民政部、司法部、财政部、人事部、建设部、铁道部、交通部、水利部、农业部、对外贸易经济合作部、文化部、卫生部、国家计划生育委员会、中国人民银行、审计署。
改革后除国务院办公厅外，国务院组成部门由原有的４０个减少到２９个。包括国家政务部门１２个：外交部、国防部、文化部、卫生部、国家计划生育委员会、国家民族事务委员会、民政部、司法部、公安部、国家安全部、监察部、审计署；宏观调控部门４个：国家发展计划委员会、国家经济贸易委员会、财政部、中国人民银行；专业经济管理部门８个：建设部、铁道部、交通部、信息产业部、水利部、农业部、对外贸易经济合作部、国防科学技术工业委员会；教育科技文化、社会保障和资源管理部门５个：教育部、科学技术部、人事部、劳动和社会保障部、国土资源部。
从１９９８年开始，国务院机构改革首先进行，随后党中央各部门和其它国家机关及群众团体的机构改革陆续展开；１９９９年以后，省级政府和党委的机构改革分别展开；２０００年，市县乡机构改革全面启动。截至２００２年６月，经过四年半的机构改革，全国各级党政群机关共精简行政编制１１５万名。
