独立后，乌兹别克斯坦和吉尔吉斯斯坦的边界只是在原则上按照原加盟共和国边界确定。实际上，两国边界有多段并未得到明确确定，两国长达1378公里的边界线，存在争议的多达230公里，更为复杂的是两国相互嵌入的数块飞地。
乌兹别克斯坦和吉尔吉斯斯坦边境一共存在八块大小各不相同的飞地，有的飞地面积达数百平方公里，有的则不到1平方公里。在费尔干纳盆地，乌兹别克斯坦有四块飞地位于吉尔吉斯斯坦，其中最大的一块叫索赫，面积达325平方公里，距吉尔吉斯斯坦巴特肯州政府所在地巴特肯仅仅24公里。最小的两块飞地卡拉恰和贾盖尔则不到1平方公里。吉尔吉斯斯坦位于乌兹别克斯坦境内最大的飞地是巴拉克村，位于费尔干纳盆地马尔吉兰和费尔干纳城之间。
独立后，这些未明确的边界和飞地问题给当地居民生产生活带来极大不便，也在很大程度上成为了阻碍两国关系正常发展的消极因素之一。在有的飞地，甚至存在一个家族分属两个国家的状况，越境走动需求迫切。但是两国互设边境检查站，为当地居民外出带来了很大困难。边境两侧、飞地及其周边居民为了肥沃地块归属、跨境河流水源、能源供应和水电站开发等一系列问题频繁发生剧烈冲突，乃至兵戎相见。2010年费尔干纳爆发严重骚乱事件后，乌兹别克斯坦曾经长时间关闭边境检查站。作为回应，吉尔吉斯斯坦也在边境检查站设置种种障碍。吉乌两国的飞地矛盾变的更加突出，日益复杂。
早在上个世纪90年代初，乌兹别克斯坦就和吉尔吉斯斯坦等邻国建立了有关边界争端的双边谈判机制，但各方却把主要精力浪费在了争论上。乌兹别克斯坦是中亚地区人口大国、文化大国和经济大国。但在整个卡里莫夫时代，由于其在解决与邻国领土纠纷等问题上缺乏灵活手段，导致乌兹别克斯坦与吉尔吉斯斯坦等邻国关系并不和睦，极大地限制了乌兹别克斯坦在地区外交中应有的地缘政治影响力。
2016年，乌兹别克斯坦卡里莫夫总统去世后，米尔济约耶夫被选举为该国新一任总统，由此开启了乌兹别克斯坦内政和外交新时期。米尔济约耶夫上任后，除了在政治、经济领域加大改革力度，还把更多的精力放在了外交政策调整上。其外交政策调整的特点是更加注重中亚外交和周边外交，更加重视发展与独联体以及世界其他大国和国际组织的交往，乌兹别克斯坦的对外开放程度明显高于以往。
米尔济约耶夫推动了一系列地区外交行动，其中包括与邻国关于领土争端问题的解决。上任伊始，他就指示有关部门积极开展解决与吉尔吉斯斯坦有关领土争端问题的相关工作。2017年3月，乌吉两国政府间划界问题联合工作组第17次对边界地区进行了为期十天的勘察，双方共同巡视了两国勘界工作中最为复杂的乌兹别克斯坦安集延州、纳曼干州、费尔干纳州和吉尔吉斯斯坦巴特肯州、贾拉拉巴德州、奥什州之间存在争议或未完成划界的12处区块，进行了野外实地考察及相关的测绘工作，进行了4次工作磋商，并签署了成果性纪要文件。同年8月，政府间划界问题联合工作组在吉首都比什凯克举行多轮会谈，就相关争议地段进行深入谈判。
2017年9月，米尔济约耶夫总统访问吉尔吉斯斯坦期间，乌吉双方签署了政府间谅解备忘录，在两国边境地区成立了全权代表委员会（边界理事会），旨在发展区域间联系，扩大边界地区合作。此后，乌吉双方通过一系列制度安排，边境检查站工作程序不断得到简化，双方边境贸易和旅游领域的合作等开始得到蓬勃发展。这为促进双方進一步就领土问题谈判奠定了良好基础。
2018年3月，乌吉两国边界理事会首次会议在乌兹别克斯坦费尔干纳州费尔干纳市召开，双方继续就边境合作等问题进行了深入讨论。随后，乌吉双方就存在争端的领土问题进行了紧锣密鼓的谈判。最终有了8月14日的“换地”协议。据透露，首次土地交换是吉方把位于乌方奥什州卡拉苏地区的吉尔吉斯斯坦飞地巴拉克村移交给乌兹别克斯坦，乌方则把靠近奥什州卡拉苏地区阿克—塔什村的等值土地划转给吉方。这样一来，困扰多年的巴拉克村村民出门要出国的问题得到解决。
乌吉以交换领土的方式解决由历史遗留，又和现实复杂纠缠的敏感边界划分问题，开创了一种全新模式，对中亚其他国家解决类似争端提供了一种思路，堪称范例。更为重要的是，随着乌吉之间领土争端逐渐成为历史，两国在外交关系方面也将开创新局面，将促进两国在边境和其他领域全面合作。
