1950年1月，新疆省设迪化专区，专区驻迪化市（今乌鲁木齐市），管辖：
１，迪化县（今乌鲁木齐县）；
２，昌吉县（今昌吉市）；
３，乾德县（原米泉市，现乌鲁木齐市米东区）；
４，绥来县（今玛纳斯县）；
５，景化县（今呼图壁县）；
６，阜康县（今阜康市）；
７，孚远县（今吉木萨尔县）；
８，奇台县；
９，木垒河县（今木垒哈萨克自治县）；
１０，吐鲁番县（今吐鲁番地区吐鲁番市）；
１１，鄯善县（今吐鲁番地区鄯善县）；
１２，托克逊县（今吐鲁番地区托克逊县）等12个县。
1954年2月，迪化市、迪化县改称乌鲁木齐市、乌鲁木齐县，孚远县改称吉木萨尔县、乾德县改称米泉县、景化县改称呼图壁县、绥来县改称玛纳斯县。
1954年7月，成立昌吉回族自治区，辖乌鲁木齐县、昌吉县、米泉县。自治区政府驻乌鲁木齐市．
1955年3月，昌吉回族自治区更名为昌吉回族自治州，州政府驻地迁至昌吉县。
1958年5月，玛纳斯、呼图壁、阜康、吉木萨尔、奇台5县和木垒哈萨克自治县划归昌吉回族自治州管辖。
1958年，乌鲁木齐县划归乌鲁木齐市，昌吉回族自治州管辖玛纳斯、呼图壁、昌吉、米泉、阜康、吉木萨尔、奇台和木垒8县。
1975年，成立吐鲁番地区，管辖吐鲁番、鄯善、托克逊3县。
1983年、1992年和1996年，昌吉、阜康和米泉分别撤县建市。
2007年，米泉市划归乌鲁木齐市，与乌鲁木齐市东山区合并为米东区．
至今，昌吉回族自治州辖5县2市。
