博多是九州最古老的港口城市之一，古名为那津或博多津，中世以前，其原址为今博多湾一带。"博多"二字最早出现在天平宝字三年（759），见于『续日本纪』中太宰府的报文中。其名称来历有三种：一、即土地广博、人物众多；二、因为地形象展开的翅膀所以叫做羽形，后来逐渐的变成同音（ハカタ）的博多；三、泊船的浅滩-泊潟。后人普遍认为第一种说法要更合理些。
关原之战后，德川家康对各大名的领地进行了重新分配，筑前被转封给了黑田氏。黑田如水之子长政在博多町的那珂川对岸的福崎筑起一座新城，命名为福冈，其名字的由来是备前黑田氏的出身之地。同时他还对城下町进行了整理，将从丰前国中津跟随而来的商人、职人安排到了城北侧唐津大道。这样新的博多只包括原那珂川以西的地域，与福冈一起成为了原博多的双子都市。
明治四年（1871），福冈藩被改为福冈县，并被分为三十二个区，城下町福冈为第一区，町人町博多为第二区。同二十二年（1889），决定将博多、福冈合并建市。这座新城市的名称到底应该叫博多还是叫福冈？在当地民众中引发了一场大规模的争论。仅从人口数看，当时博多占优，但福冈县县令第四十二号仍然决定命名为福冈。次年，一部分议员提议改名为博多市，据说当时议员票数打平，最终是被议员长不破国雄的一票所否决。不过虽然改名失败，但博多并没有消失，今天福冈市的车站、港口仍然以其命名。
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