两江新区只是一个由市委常委翁杰明负责的协调机构,具体运作分为很多部门:
江北区:江北嘴地区由单独的正厅级单位江北嘴开发投资公司负责开发;鱼嘴、复盛、郭家沱地区由正厅级两江新区开发投资集团负责开发。寸滩地区由正厅级的重庆保税港区负责开发水港保税区,其余区域由江北区政府管理和开发,主要开发区是位于寸滩、唐家沱地区的正处级港城工业园区。
北碚区:水土复兴地区由两江新区开发投资集团负责开发;蔡家地区由北碚区政府成立正处级的蔡家组团负责开发。
渝北区:除早先成立的正厅级单位——北部新区(辖6个街道办事处)外,龙兴石船地区由两江新区开发投资集团负责开发,悦来地区由重庆市地产集团负责开发成国际会展城,木耳地区由于正厅级的重庆保税港区负责开发成空港保税区,其余地区由渝北区政府负责管理和开发,主要开发区有:两路以西的空港新城、两路东北方得空港工业园区、回兴以东的台商工业园区、回兴以南的现代农业园区等4个正处级开发区。
由此在两江新区1200平方公里的土地上形成3个正厅级行政区(下属6个正处级开发区)、5个正厅级开发投资公司共同管理开发的局面,其中北部新区拥有部分行政职权,其地位介于区政府和开发投资集团之间。