一般来说，奉行支配所是直接归幕府直辖的，也就是幕府的世袭领地，先后包括：
武藏国江户町：负责江户城下町行政、司法
山城国京都町：负责京都城下町行政、司法
摄津国大阪町：负责摄津·播磨·河内·和泉行政、司法
骏河国骏府町：负责骏河伊豆行政、司法、久能山东照宫警备、监视往来通行大名
骏河湾警备(原为清水奉行司职)
近江国大津町：1722废，事务划归京都町奉行所
山城国伏见远国：负责伏见町行政、附近河流船政、京都御所警备、西国大名监视、
近江丹波天领行政、司法
肥前国长崎远国：负责长崎港监视、监视外国动向
伊贺国山田远国(要地)：负责伊势神宫警备、神领司法、志摩国鸟羽港监视
上野国日光远国(要地)：负责日光行政、下野、下野司法、日光东照宫警备
和泉国堺远国：负责堺港监视、本地行政、警备
佐渡国远国(要地)：负责佐渡等岛司法、采矿、海上警备
大和国奈良远国(要地)：负责本地行政、寺社管理，春日大神警备
相模国浦贺远国：1720设，负责江户湾港口监视，与下田奉行协调事务
伊豆国下田远国：1855开港设，负责下田港监视、本地行政
虾夷箱馆远国：1855开港设，负责本地行政、防卫、港口监视
越后国新泻远国：1858开港设，负责本地行政、港口监视、海岸警备
武藏国神奈川远国：1858开港设
摄津国兵库远国：1858开港设
武藏国羽田：负责羽田港湾事务
北海道松前：虾夷地开拓、警备事务
相模国三崎：不详
郡代、代官管理地是幕府重要的财政来源，飞[马单]郡代管有非常丰富的林木资源、大森代官管有石见银山的开采等等。
但代官管理地是变化的，有的藩因改易而归幕府直领，便由代官负责；有的地方原由代理管理，后新设或划归诸藩。
一般来说，十万石以上领地设郡代，如关东、飞[马单]、美浓、西国；十万石以下设代官，多达四五十人。
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